Una de las reformas consistió en derogar el artículo 5 de la LIA  que establecía la deducción de las deudas para efectos de determinar la base del pago del impuesto. En este sentido, la SCJN negó los amparos promovidos al estimar que la variación de la mecánica del cálculo del impuesto no resultaba violatoria de garantías, entre otras razones, porque el Congreso de la Unión ejerció la facultad con que cuenta para hacer de dicho tributo un mecanismo de control eficiente respecto del impuesto sobre la renta.

Otra reforma que sufrió para el ejercicio fiscal de 2007 la LIA, fue la de modificar la mecánica del artículo 5-A de dicha ley, el que le otorgaba la facilidad al contribuyente de determinar el impuesto, tomando de base el impuesto causado en el cuarto ejercicio inmediato anterior. De acuerdo a la reforma, el contribuyente que empleará esta opción, debía recalcular el impuesto a actualizar correspondiendo en este caso al ejercicio 2003, eliminando el efecto de la deducción de las deudas. En este sentido la SCJN resolvió que esta reforma resulto violatoria a la garantía de irretroactividad de la ley, por lo que se concedió el amparo contra dicha reforma.

El Alto Tribunal precisó que la declaratoria de inconstitucionalidad del artículo séptimo, fracción I, del decreto de reformas a la Ley del Impuesto al Activo para 2007, no puede ser para que queden liberados de la obligación de pago del gravamen. Consecuentemente, se otorgó el amparo para el efecto de que tributen de conformidad con las reglas propias de la opción establecida en el artículo 5-A de la Ley, es decir, para que actualicen el impuesto que les correspondía en el 2003.

La declaratoria de inconstitucionalidad no abarcó al propio artículo 5-A de la Ley del Impuesto al Activo, en razón de que los ministros consideraron que el mismo resultaba aplicable para quienes ejercieron la opción durante 2007, motivo por el cual no podía hablarse de irretroactividad de la ley en dichos casos.